实验室按照“开放、流动、联合、竞争”的机制运行。实验室从国家有关部门、依托单位以及横向联合经费中筹集开放基金，制定开放课题申报指南并对外公布。实验室的日常运行管理，人员聘用及流动，仪器设备管理与使用，按教育部关于印发《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》（教技[2009]2号）办法实施。本实验室对社会开放，有关热带动植物生态学领域的研究项目都可以到实验室来进行。参照国外知名大学实验室和国家重点实验室的运行模式，建立一套科学、系统、细致的规章制度和考核制度，使实验室的一切运行都有章可寻。

       1、实验室依据国家教育部关于“国家重点实验室建设与管理暂行办法”和海南省科学技术厅关于“海南省重点实验室建设与管理暂行办法”对实验室进行全面管理。

       2、本实验室实行实验室主任负责制、学术委员会评审制；实验室采取以研究方向为导向，以研究组为基本科研单元的运行模式。实验室主任可根据不同时期的研究任务，决定设置课题研究组；根据研究工作需要，可设立若干功能实验室，协助各课题组完成课题研究工作。

       3、每年召开1次年度学术会议。实验室主任就年度运行管理、经费使用提出可行方案，并向学术委员会汇报上年度的实验室工作总结。

       4、实验室主任由学校推荐聘任，并报上级主管部门备案。实验室主任全面负责实验室的业务和行政工作的管理，并可设置副主任或主任助理1-2人(符合相应业务、技术条件)。