一

DNA测序技术(视频教学)

下一代DNA测序技术(视频教学)

第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent原理

第三代测序技术：PacBio, Hellicos原理

第四代测序技术:     Oxford NanoPore原理

Hybridization based methods

测序技术的比较及展望

二

Sequence-independent分子标记的开发及应用（经典方法回顾）

RFLP, RAPD, SSR, SSCP, CAPS, SCAR, AFLP, IRAP, REMAP

三

单基因分子标记开发及应用

常用的DNA条形码标记：

16S，ITS，ITS1，ITS2，trnH-psbA，rbcL-matK，COI等

常用DNA条形码鉴定方法：

sequence similarity-based （Blast， Hidden Markov Model），tree-based，cutoff-based

筛选最优DNA条形码指标

PCR amplification success，Sequencing efficiency，Species distinguishing power，DNA barcoding gap

DNA barcoding相关数据库

BOLD: Barcode of Life Database

BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database

四

基于全基因组序列的新的分子标记的发现

a)（真菌、动物）线粒体基因组

i.组装方法：de novo vs. reference based

ii注释流程: MFAnnotator vs. FUMGA

iii特异性标记筛选

b)（植物）叶绿体基因组

i组装方法：de novo vs. reference based

ii注释流程：CPGAVAS vs. DOGMA

iii特异性标记筛选

五

SSR、SNP、Indel序列的发现物理图（physical map）构建新方法：原理及应用

a)SSR发现及批量引物设计    b)SNP发现

c)Indel发现

a)Optical Mapping   b)Bionano

六

基于NGS的基因型分型、遗传图谱构建和关联分析（NGS-based genotyping，genetic map construction，genome-wide association study）

七

物理图谱（physical map）构建方法：原理及应用

a)reduced-representation sequencing using reduced-representation libraries (RRLs)

b)omplexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS),

c)Restriction-site associated DNA sequencing（RAD-Seq）

a)全基因组关联分析（GWAS）

a)  Optical  mapping

b)  Bionano

八

高通量表型分型(High-througput phenotyping)

a) Remote sensing and imaging techniques

b) High-performance data recording and computing：Automated greenhouse systems, Phenoscope, RootReader, LemnaTec Scanalyzer 3D, HTPheno.

c) Intergrated analysis

九荟萃分析（Meta-analysis)

a)QTL meta-analysis

d) b)Genomic and phenotypic databases for rice and wheat.

十  实操部分

DNA/protein序列分析

（Linux，EMBOSS，formatdb，blast，extractseq，distmat，NGS序列处理（FastaQC，samtools, bowtie, IGV，ecoprime，STACKS，PLINK，GAPIT等）

常用编程语言快速入门(per语言, R语言, python语言)