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海南大学举办第一期DNA条形码、分子标记、遗传育种上机实操培训班
热带岛屿生态学省部共建教育部重点实验室 | 2018-01-08 17:15:20 | 阅读:73
     2018年1月19日-1月23日,海南大学举办一期DNA条形码、分子标记、遗传育种上机实操培训班,具体培训内容大纲如下。 
主讲老师:中国医学科学院 药用植物研究所
上课地点:海南大学  授课4天  培训费3900/人
联系人:李永军老师
联系电话:185 1347 8760                                           
 
培训内容:

DNA测序技术(视频教学)

 

 

 

下一代DNA测序技术(视频教学)

第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent原理

第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理

第四代测序技术:     Oxford NanoPore原理

Hybridization based methods

测序技术的比较及展望

 

Sequence-independent分子标记的开发及应用(经典方法回顾)

 

 

RFLP, RAPD, SSR, SSCP, CAPS, SCAR, AFLP, IRAP, REMAP

单基因分子标记开发及应用

 

 

常用的DNA条形码标记:

16S,ITS,ITS1,ITS2,trnH-psbA,rbcL-matK,COI等

常用DNA条形码鉴定方法:

sequence similarity-based (Blast, Hidden Markov Model),tree-based,cutoff-based

筛选最优DNA条形码指标

PCR amplification success,Sequencing efficiency,Species distinguishing power,DNA barcoding gap

DNA barcoding相关数据库

BOLD: Barcode of Life Database

BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database

 

基于全基因组序列的新的分子标记的发现

 

 

 

a)(真菌、动物)线粒体基因组

i.组装方法:de novo vs. reference based

ii注释流程: MFAnnotator vs. FUMGA

iii特异性标记筛选

 

b)(植物)叶绿体基因组

i组装方法:de novo vs. reference based

ii注释流程:CPGAVAS vs. DOGMA

iii特异性标记筛选

 

SSR、SNP、Indel序列的发现物理图(physical map)构建新方法:原理及应用

 

 

a)SSR发现及批量引物设计    b)SNP发现

c)Indel发现

a)Optical Mapping   b)Bionano

 

基于NGS的基因型分型、遗传图谱构建和关联分析(NGS-based genotyping,genetic map construction,genome-wide association study)

 

 

物理图谱(physical map)构建方法:原理及应用

 

 

 

 

a)reduced-representation sequencing using reduced-representation libraries (RRLs)

b)omplexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS),

c)Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-Seq)

a)全基因组关联分析(GWAS)

 

 

 

 

 

a)  Optical  mapping

b)  Bionano

 

高通量表型分型(High-througput phenotyping)

 

 

a) Remote sensing and imaging techniques

b) High-performance data recording and computing:Automated greenhouse systems, Phenoscope, RootReader, LemnaTec Scanalyzer 3D, HTPheno.

c) Intergrated analysis

 

九荟萃分析(Meta-analysis)

 

 

a)QTL meta-analysis

d) b)Genomic and phenotypic databases for rice and wheat.

 

十  实操部分

 

DNA/protein序列分析

(Linux,EMBOSS,formatdb,blast,extractseq,distmat,NGS序列处理(FastaQC,samtools, bowtie, IGV,ecoprime,STACKS,PLINK,GAPIT等)

 

常用编程语言快速入门(per语言, R语言, python语言)

 

 

 



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